| Тур | Дата | Соперник | Голы | Результат | Очки |
| 01 | 19 марта | «Зенит» - «Сатурн» Московская обл | Пошкус | 1:1 | 1 |
| 02 | 26 марта | «Амкар» Пермь - «Зенит» | Спивак, Ширл(2) | 1:3 | 4 |
| 03 | 02 апреля | «Зенит» - «Ростов» Ростов-на-Дону | Хаген | 1:1 | 12 |
| 04 | 09 апреля | «Крылья Советов» Самара - «Зенит» | Кержаков-2 | 3:2 | 4 |
| 05 | 15 апреля | «Зенит» - «Луч-Энергия» Владивосток | Кержаков100 , Власов, Аршавин 50 | 3:1 | 7 |
| 06 | 23 апреля | «Спартак» Нальчик - «Зенит» | Кержаков | 1:1 | 8 |
| 07 | 30 апреля | «Зенит» - «Спартак» Москва | Ковальчук(автогол) | 1:4 | 8 |
| 08 | 06 мая | «Локомотив» Москва - «Зенит» | Денисов (пенальти) | 3:1 | 8 |
| 09 | 14 мая | «Зенит» - «Рубин» Казань | Денисов | 1:0 | 11 |
| 10 | 11 июля | «Москва» Москва - «Зенит» | - | 0:0 | 14 |
| 11 | 19 июля | «Зенит» - ЦСКА | - | 0:0 | 15 |
| 12 | 23 июля | «Зенит» - «Торпедо» Москва | Хаген (25), Аршавин (27) | 2:1 | 18 |
| 13 | 30 июля | «Динамо» Москва - «Зенит» | Кержаков, Горшков | 2:2 | 19 |
| 14 | 06 августа | «Зенит» - «Шиник» Ярославль | Фатих Текке (46) | 1:0 | 22 |
| 15 | 12 августа | «Томь» Томск - «Зенит» | Текке (14) Пошкус (19) | 2:2 | 23 |
| 16 | 19 августа | «Сатурн» Московская обл - «Зенит» | - | 0:0 | 24 |
| 17 | 27 августа | «Зенит» - «Амкар» Пермь | Текке (27) Черенчиков (69-автогол) | 2:0 | 27 (6) |
| 18 | 09 сентября | «Ростов» Ростов-на-Дону - «Зенит» | Текке (13) Риксен (53) Анюков (60) | 3:1 | 30 (4) |
| 19 | 17 сентября | «Зенит» - «Крылья Советов» Самара | Кержаков (81) | 1:0 | 33 (4) |
| 20 | 24 сентября | «Луч-Энургия» Владивосток - «Зенит» | Аршавин(1), Панов(61) | 0:2 | 36(4) |
| 21 | 01 октября | «Зенит» - Спартак» Нальчик | Риксен(25), Аршавин(69), Денисов(86), Мареш(90) | 4:0 | 39(4) |
| 22 | 14 октября | Спартак» Москва - «Зенит» | - | 1:0 | 39(4) |
| 23 | 22 октября | «Зенит» - «Локомотив» | Хаген(17),Аршавин(45),Денисов(67),Спивак(90+2п) | 4:1 | 42(4) |
| 24 | 25 октября | «Рубин» Казань - «Зенит» | - | 3:0 | 42 |
| 25 | 29 октября | «Зенит» - «Москва» Москва | Аршавин(14) | 1:1 | 43 |
| 26 | 05 ноября | ЦСКА - «Зенит» | - | 1:0 | 43(4) |
| 27 | 08 ноября | «Торпедо» Москва - «Зенит» | Аршавин(9), Хо(45) | 1:2 | 46(4) |
| 28 | 12 ноября (7 июля) | «Зенит» - «Динамо» Москва | - | 0:0 | 13 |
| 29 | 18 ноября | «Шиник» Ярославль - «Зенит» | Шкртел(68),Иордаке(90+3)(автогол) | 1:2 | 49(4) |
| 30 | 26 ноября | «Зенит» - «Томь» Томск | - | 0:0 | 50(4) |
